El Urbanismo Ecosistémico posee dos instrumentos principales para ordenar el territorio: la Supermanzana y el urbanismo en tres niveles:
La Supermanzana, una nueva célula urbana, viene definida por un área de aproximadamente 400×400 metros, por cuyo perímetro circula la motorización. Su interior, en el que se engloban varias manzanas, queda liberado del vehículo de paso y del transporte público. La velocidad se limita a un máximo de 10 Km/h, lo que permite el desarrollo de todos los usos y funciones del espacio público, sin restricciones.
El urbanismo en tres niveles (altura, superficie y subterráneo) proyecta tres planos con el mismo detalle y la misma escala que los urbanistas proyectan el Plan Urbanístico en superficie, permitiendo redistribuir las funciones que actualmente se encuentran en superficie: las cubiertas están vinculadas a la biodiversidad, la energía y el agua. El subsuelo se vincula a los servicios, la distribución urbana, el aparcamiento, la movilidad masiva de pasajeros, al ciclo del agua y a la gestión de la energía. El suelo se relaciona con los usos, la funcionalidad y el espacio público.
El Urbanismo Ecosistémico incorpora dos restrictores principales: la eficiencia y la habitabilidad. Estos restrictores son condicionantes que se deben cumplir para que la ciudad, además de sostenible, sea agradable y atractiva para la ciudadanía que vive en ella.
La eficiencia está relacionada con la capacidad del sistema urbano para, con una organización y actividad compleja, minimizar el consumo de recursos.
La habitabilidad trata de aspectos ligados al confort e interacción de los ciudadanos: cohesión social, diversidad biológica, calidad del espacio público, residencia, equipamiento, etc.